מבקר המדינה  מתניהו אנגלמן התייחס בדוח 2020 ל"טיפול מערכת הבריאות במחלות מתפרצות ומתחדשות. הדברים מופיעים בפרק הבריאות: "כבר בשנת 2019 החל משרד מבקר המדינה לבצע בדיקה מעמיקה בעניין אופן היערכותה של מערכת הבריאות להתמודדות עם מחלות שבכוחן להביא לתחלואה רבה ולפגיעה קשה בבריאות הציבור, ובכללן שפעת פנדמית, חצבת ואבולה. הדוח הועבר לגופים המבוקרים בנובמבר 2019, לשם קבלת תגובתם בעניינו, והומצא לראש הממשלה ב-14.2.20. המצב ששרר בסין בדצמבר 2019, לקראת מועד סיום הביקורת, המחיש את הסיכון הרב הכרוך בהתפשטות מגפת הקורונה, ובמועד המצאת הדוח לראש הממשלה עדיין לא התגלה הנגיף בארץ".

בביקורת נמצאו ליקויים באופן ההיערכות של משרד הבריאות, קופות החולים ומערך האשפוז להתמודדות עם מחלות מתפרצות ומתחדשות. נמצא כי על פי התרחיש שמשרד הבריאות צופה בעת התפרצות מגפה של שפעת צפויים לחלות כ-2,250,000 תושבים בישראל (כ-25% מהאוכלוסייה) וכי הגידול בתחלואה יתפזר על פני כשמונה שבועות שבהם יתווספו למערכת האשפוז של בתי החולים עוד כ-150,000 מאושפזים, עוד כ-25,000 חולים יזדקקו לאשפוז ביחידות טיפול נמרץ, ועוד כ-12,500 חולים יזדקקו להנשמה. בתכנית ההיערכות הלאומית אין התייחסות לכמות חדרי הבידוד שיידרשו. יש לציין כי מערכת האשפוז נמצאת בכל ימות השנה בעומס רב. מחלקות רבות בבתי החולים הכלליים פועלות בתפוסת יתר וקיים מחסור במיטות טיפול נמרץ. 

בבדיקה עלה כי למשרד הבריאות אין תכנית להשלמת הפערים במיטות אשפוז, בצוותים רפואיים ובציוד בעת התפרצות שפעת פנדמית, שתאפשר טיפול ראוי בחולים הרבים שיזדקקו לאשפוז בעת התפרצות מחלה זו. תכנית ההיערכות קובעת כי יש להצטייד בכמות של תרופות לטיפול בזיהום נגיפי (תרופות אנטי ויראליות) שתספיק ל-25% מהאוכלוסייה ובבדיקה נמצא כי מלאי התרופות מספיק רק ל-16% מהאוכלוסייה במקום 25% כנדרש. 

פרק הבריאות, לפי המבקר, מדגים את אופן יישום המדיניות בעניינה של ביקורת מערכתית, בונה ואפקטיבית, הצופה פני עתיד והעוסקת בסיכונים קודם להתהוותם. חשיבותו של הפרק מתעצמת לנוכח הודעת ארגון הבריאות העולמית ב- 11.3.20 ולפיה נגיף הקורונה מוגדר כמגפה עולמית. "כולי תקווה כי הפרק, אשר הוגש כאמור עוד לפני התפרצות הקורונה בישראל, סייע לקבלת החלטות מיטביות ותרם להיערכות משרד הבריאות וממשלת ישראל למניעת התפשטות נגיף הקורונה בישראל, וכי כעת, עם פרסומו, הוא יגביר את מודעות הציבור לצורך במילוי הנחיות הגורמים המוסמכים לכך". 

מבקר המדינה: ";הפרסומים נגד עבודת הביקורת מציגים מצג שווא";

מבקר המדינה על התחבורה הציבורית : פוגעת בפריון ובהכנסות ממסים