תקציב הקו האדום של הרכבת הקלה זינק ב-70% וההתנהלות לא יעילה. כך קובע מבקר המדינה מתניהו אנגלמן בדוח שהוציא על נושאים מערכתיים וכלכליים. המבקר ממליץ כי משרדי התחבורה והאוצר יקיימו תהליכי הפקת לקחים מהחלקים שבוצעו בפרויקט הרק"ל ויישמו אותם בחלקים המתוכננים של הרק"ל ובפרויקטים עתידיים להסעת המונים כגון המטרו.
לדברי המבקר, אומדן עלות ההקמה של שלושה קווי הרכבת הקלה בגוש דן (האדום, הירוק והסגול) מגיע ל-48.1 מיליארד שקל.
המבקר המדינה בדק את התקדמות פרויקט ההקמה של קווי הרכבת הקלה (האדום, הירוק והסגול) ומצא כי יותר מ-20 שנה ממועד הקמת חברת נת"ע, לא נחתם הסכם המסגרת בין משרדי התחבורה והאוצר לבינה. זאת, אף שהממשלה הורתה בהחלטותיה מהשנים 2010 ו-2016 לפעול לחתימה על הסכם ואף שמבקר המדינה המליץ בנושא זה בדוחות הביקורת שפורסמו בשנים 2013 ו-2018.
עוד נמצא, כי מועד השלמת הקמת הקו האדום נדחה שש פעמים לפחות לתקופה מצטברת של חמש שנים בקירוב במצטבר (חמש מתוך שש הדחיות אירעו בשנים 2010 עד 2013 לפני תחילת עיקר עבודות ההקמה שהחלו בשנת 2015): הממשלה לא קבעה בהחלטתה יעד למועד הפעלת הקווים הסגול והירוק, פתיחת הקו הסגול נדחתה מ-2025 ל-2026, ופתיחת הקו הירוק נדחתה מ-2025 ל-2027, ועשויה לחול דחייה של שנה נוספת לפחות לנוכח דחייה של ההכרזה על זוכה בפרויקט ה-PPP ביותר משנה, שנבעה בעיקר מדחיית פינוי כפר שלם בשנה וחצי בקירוב – מאוגוסט 2020 לינואר 2022.
ממועד קביעת האומדן הראשוני של העלות לפרויקט הקו האדום בהחלטת הממשלה מדצמבר 2010 בסך 10.7 מיליארד שקל, בוצעו בו 12 עדכונים לכל הפחות – ולפחות בשמונה מהם עודכן אומדן עלות הפרויקט הכוללת. בעדכון האחרון באוקטובר 2021 היה אומדן העלות כ-18.71 מיליארד שקל, סכום הגבוה בכ-8 מיליארד שקל מאומדן העלות המקורי (כ-75%). בניכוי השפעת התייקרויות (הוספה של 0.671 מיליארד שקל) וירידה במע"מ מ-18% ל-17% בשנת 2016 (ירידה של 0.128 מיליארד שקל) אומדן העלות גדל בכ-7.46 מיליארד שקל (כ-69.7%). לחריגה באומדן עלות בקווי הרק"ל שבהקמה, האדום, הירוק והסגול סיבות רבות ובהן: תקצוב בצ"ם (בלתי צפוי מראש) בחסר שלא לפי נוהל פר"ת (פרויקטים לתחבורה) ואי-הכללת עלויות באומדן העלות בעיקר בשלבים המוקדמים של הפרויקט; אי-הצמדה לסלי תשומות; מכלולים שלא נכללו באומדן הפרויקט, מכלולים שלא תומחרו ומכלולים שתומחרו בחסר והביאו להסטות בין הסעיפים התקציביים השונים.
עלה כי אומדן העלות של פרויקט הקו הסגול של הרק"ל גבוה ביחס למספרי ההשוואה במדינות אחרות במחירי שנת 2000 (מתוך נתוני מחקר הבנק העולמי) ולאחר תקנון אורך הקווים (השפעת המחיר):
אומדן עלות הקו הסגול הוא כ-11.2 מיליארד שקל (כ-0.41 מיליארד שקל לק"מ) ובמחירי 2000, כ-4.64 מיליארד שקל (0.17 מיליארד שקל לק"מ), היה גבוה בכ-26.5% ובכ-133.5% מערכי המקסימום והמינימום בהתאמה לפי פרויקטים דומים במדינות אחרות. כלומר אומדן הקו הסגול העילי גבוה משמעותית ממספרי ההשוואה במחקר הבנק העולמי.
אומדן עלות הקו הירוק הוא כ-18.3 מיליארד שקל (כ-0.47 מיליארד שקל לק"מ) ובמחירי שנת 2000, כ-7.64 מיליארד שקל (0.2 מיליארד שקל לק"מ), היה נמוך בכ-5.5% וגבוה בכ-99.4% מערכי המקסימום והמינימום בהתאמה לפי פרויקטים דומים במדינות אחרות.
אומדן עלות הקו האדום הוא כ-18.7 מיליארד שקל (כ-0.78 מיליארד שקל לק"מ) ובמחירי 2000, כ-7.89 מיליארד שקל (0.33 מיליארד שקל לק"מ), היה בטווח העלויות של פרויקטים דומים במדינות אחרות, והיה נמוך בכ-23.7% וגבוה בכ-113.5% מערכי המקסימום והמינימום בהתאמה לפי פרויקטים דומים במדינות אחרות.
בביקורת עלה, כי זמן הקמת קו הרק"ל העילי הסגול במטרופולין תל אביב צפוי להיות ארוך במידה רבה מזמן ההקמה של רוב הקווים שנבדקו עם מאפיינים דומים במדינות אחרות: כ-3.7 חודשים לק"מ בקו הסגול בישראל (סה"כ כ-8 שנים) לעומת כ-2.5 חודשים לק"מ בממוצע במדינות אחרות (כ-48% יותר מהממוצע בקווים במדינות אחרות).
אף שכל אחד מקווי הרק"ל עובר בשטחן של רשויות רבות במטרופולין וקשרי התחבורה ביניהן הדוקים, אין במטרופולין רשות תחבורה מטרופולינית ואף אין בה מִנהלת פרויקט רק"ל שתרכז את כל אשר קשור לפרויקט. הקמתן של רשויות תחבורה מטרופוליניות חשובה לקידום ראייה כוללת בעניין מתן פתרונות תחבורתיים, למתן מענה יעיל לצרכים כוללים ומקומיים, לביצוע תיאומים בין רשויות מקומיות וליצירת שיתופי פעולה לצורך קידום מיזמים הקשורים לתחבורה הציבורית.
בנוסף, עסקים הסמוכים למקטע התת-קרקעי של הקו האדום בתחום רמת גן ובני ברק אינם נהנים מקרן דומה לזו שהקימה עיריית תל אביב בשיתוף משרד האוצר, ואינם יכולים לקבל סיוע שלו זכאים עסקים בתל אביב, וזאת אף שחלק מתקציב הקרן הוא תקציב מדינה המוקצה על ידי משרד האוצר. נובע מכך חוסר שוויון בין עסקים בתחומים מוניציפליים שונים.